تم إنشاء مركز الإيداع كضرورة واستكمالاً للتداول الالكتروني بموجب القانون 74/المؤقت (القسم التاسع) و يعتبر جزء من السوق و تخضع قرارات مدير المركز لمصادقة مجلس المحافظين و هيئة الاوراق المالية.
عند تطبيق نظام الإيداع المركزي الذي سمي بـ (النظام الخاص بالايداع والتسوية والمقاصة في سوق العراق للاوراق المالية في سنة 2007 و الذي تم العمل به في سنة 2009) تم الاستغناء عن الأوراق المالية (شهادات الأسهم) الورقية والاستعاضة عنها بالورقة الالكترونية وعن طريق إنشاء سجل مساهمين مركزي لكافة الشركات المساهمة. وأًصبح يتوجب على جميع المساهمين الذين لديهم أوراق مالية (شهادات أسهم) ورقية قديمة إيداعها في مركز الإيداع العراقي, حيث أصبح مركز الإيداع العراقي هو الجهة المسؤولة عن حفظ ملكية الأسهم لجميع المساهمين في الشركات المساهمة ولا يمكن لأي مساهم أن يبيع أسهمه في سوق العراق للأوراق المالية إلا بعد إيداعها في مركز الإيداع العراقي.
كما وتم تشكيل هيكل تنظيمي للمركز وتم إنشاء أقسام وشعب للمركز وتوزيع مهام وعمل كل قسم وشعبه وتهيئة وتدريب الكوادر العاملة في المركز و استثمار كافة الفرص التدريبية المتاحة لتطوير مهارات العاملين. وفي نهاية كل سنة سوف يقدم تقرير سنوي يوضح نشاط مركز الإيداع وأهدافه والخدمات التي يقدمها والجهات المستفيدة من المركز وانجازاته ويُعزز التقرير بجداول توضيحية لنشاط المركز.